1. Αποστολή της ΣΔΕΠΝ είναι να παρέχει διοικητική και επιτελική εκπαίδευση, μεταπτυχιακή επιμόρφωση στη Ναυτική Επιστήμη και Στρατηγική καθώς και ενημέρωση επί των νέων τεχνολογικών εξελίξεων και επιστημονικών αντιλήψεων που σχετίζονται με τις Ένοπλες Δυνάμεις, με σκοπό την κατάλληλη κατάρτιση των Αξιωματικών του Πολεμικού Ναυτικού (ΠΝ) για την εκτέλεση επιτελικών και διοικητικών καθηκόντων κατά την ανάληψη των προβλεπόμενων διοικητικών θέσεων ανάλογα με τον βαθμό και την ειδικότητα σε όλη την κλίμακα της ιεραρχίας.
2. Η ΣΔΕΠΝ λειτουργεί και ως επιστημονικός φορέας του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας (ΥΠΕΘΑ) σε θέματα Ναυτικής Επιστήμης και Στρατηγικής.
