Οι ακόλουθες δαπάνες δεν είναι επιλέξιμες για συνεισφορά από τα Ταμεία και από το ποσό στήριξης που μεταφέρεται από το Ταμείο Συνοχής στη διευκόλυνση «Συνδέοντας την Ευρώπη»:
α) χρεωστικοί τόκοι, εκτός επιχορηγήσεων που δίνονται υπό τη μορφή επιδότησης επιτοκίου ή επιδότησης προμηθειών εγγύησης,
β) η αγορά μη οικοδομημένης και οικοδομημένης γης για ποσό που υπερβαίνει το 10% των συνολικών επιλέξιμων δαπανών για την οικεία πράξη. Για εγκαταλελειμμένες και πρώην βιομηχανικές εγκαταστάσεις που περιλαμβάνουν κτίρια, το όριο αυτό αυξάνεται στο 15%. Σε εξαιρετικές και δεόντως αιτιολογημένες περιπτώσεις, το όριο μπορεί να αυξηθεί υπερβαίνοντας τα αντίστοιχα προαναφερθέντα ποσοστά για πράξεις που αφορούν διατήρηση του περιβάλλοντος,
γ) φόρος προστιθέμενης αξίας, εκτός της περίπτωσης που δεν είναι ανακτήσιμος δυνάμει της εθνικής νομοθεσίας για τον ΦΠΑ,
δ) για πράξεις συγχρηματοδοτούμενες από το ΕΚΤ, επιπλέον των ανωτέρω δαπανών, η αγορά υποδομών, γης και ακινήτων και ειδικά σε ότι αφορά εξοπλισμό, η δαπάνη αγοράς εξοπλισμού μεγαλύτερη από 1.500 ευρώ.
