Η δικαστική αρχή που αποφασίζει για την εκτέλεση του ευρωπαϊκού εντάλματος σύλληψης μπορεί να αρνηθεί την εκτέλεση του εντάλματος στις ακόλουθες περιπτώσεις:
α) αν το πρόσωπο, εναντίον του οποίου έχει εκδοθεί το ευρωπαϊκό ένταλμα σύλληψης, διώκεται στην Ελλάδα για την ίδια αξιόποινη πράξη με εκείνη που αναφέρεται στο ευρωπαϊκό ένταλμα σύλληψης,
β) αν οι ελληνικές αρχές αποφάσισαν είτε να μην ασκήσουν ποινική δίωξη για την αξιόποινη πράξη, για την οποία έχει εκδοθεί το ευρωπαϊκό ένταλμα σύλληψης, είτε να παύσουν τη δίωξη,
γ) αν ο εκζητούμενος έχει δικαστεί αμετακλήτως για την αξιόποινη πράξη, για την οποία έχει εκδοθεί το ευρωπαϊκό ένταλμα σύλληψης, σε κράτος μέλος της Ευρωπαϊκής Ένωσης, ώστε να κωλύεται η μεταγενέστερη άσκηση δίωξης,
δ) αν από τις πληροφορίες που διαθέτει η δικαστική αρχή που αποφασίζει για την εκτέλεση του εντάλματος προκύπτει ότι ο εκζητούμενος έχει δικαστεί αμετακλήτως για τις ίδιες πράξεις σε τρίτη χώρα, εφόσον, σε περίπτωση καταδίκης, η ποινή έχει εκτιθεί ή εκτίεται ή δεν μπορεί πλέον να εκτιθεί σύμφωνα με το δίκαιο της χώρας που εξέδωσε την καταδικαστική απόφαση,
ε) αν το ευρωπαϊκό ένταλμα σύλληψης έχει εκδοθεί προς το σκοπό της εκτέλεσης ποινής ή μέτρου ασφαλείας, στερητικών της ελευθερίας, εφόσον ο εκζητούμενος κατοικεί ή διαμένει στην Ελλάδα, και η Ελλάδα αναλαμβάνει την υποχρέωση να εκτελέσει την ποινή ή το μέτρο ασφαλείας σύμφωνα με τους ποινικούς της νόμους.