Η Γενική Διεύθυνση Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας υπάγεται στον Υποδιοικητή Αεροναυτιλίας, έχει την ευθύνη της συνολικής λειτουργίας των Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας και λειτουργεί διοικητικά και οικονομικά ανεξάρτητα από τη Γενική Διεύθυνση Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων. Ο Γενικός Διευθυντής επιλέγεται σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις περί επιλογής των Γενικών Διευθυντών και λαμβάνει αποφάσεις με βάση την κρίση και τη συνείδηση του, τους νόμους του Κράτους, το δημόσιο συμφέρον και το ρυθμιστικό πλαίσιο των διεθνών οργανισμών περί αεροναυτιλίας. Είναι υπεύθυνος έναντι κάθε Αρχής και μεριμνά για τη συνεργασία και το συντονισμό των Διευθύνσεων της Γενικής Διεύθυνσης, αλλά και για τη συνεργασία με άλλους φορείς, εθνικούς και διεθνείς. Διαρθρώνεται ως ακολούθως: