Με προεδρικό διάταγμα, που εκδίδεται με πρόταση του Υπουργού Εμπορίου ύστερα από εισήγηση του διοικητικού συμβουλίου του Σ.Ε.Π.Τ.Α., καταρτίζεται και τροποποιείται ο κανονισμός του. Στον κανονισμό αυτό ρυθμίζονται θέματα που αφορούν την πρόσληψη, αποχώρηση και εν γένει υπηρεσιακή κατάσταση του προσωπικού του (πραγματογνωμόνων, ασκούμενων πραγματογνωμόνων και διοικητικού προσωπικού), τη διάρθρωση και κατανομή των θέσεων, την πραγματογνωμοσύνη και κάθε άλλη λεπτομέρεια που αναφέρεται στη λειτουργία του.