1. Το Σ.Ε.Π.Τ.Α. διοικείται από πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) με τριετή θητεία. Το Δ.Σ. εκλέγει μεταξύ των μελών του τον πρόεδρο και τον αντιπρόεδρο, Ο πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου του Σ.Ε.Π.Τ.Α. απαλλάσσεται κατά τη διάρκεια της θητείας του από την άσκηση των καθηκόντων του ως πραγματογνώμονα υλικών ζημιών.
2. Το Διοικητικό Συμβούλιο του Σ.Ε.Π.Τ.Α. έχει τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) Ασκεί διοικητικό έλεγχο στα μέλη του και στους ασκούμενους πραγματογνώμονες, συντονίζει τις εργασίες του. διαχειρίζεται την περιουσία του και εν γένει εποπτεύει όλη τη λειτουργία του Σ.Ε.Π.Τ.Α.
β) Προΐσταται, εποπτεύει και ελέγχει τις διοικητικές υπηρεσίες και το διοικητικό προσωπικό.
γ) Διαχειρίζεται τα οικονομικά του Σ.Ε.Π.Τ.Α. και συντάσσει τον ετήσιο προϋπολογισμό και απολογισμό του.
δ) Προσλαμβάνει και απολύει τα μέλη του Σ.Ε.Π.Τ.Α., τους ασκούμενους πραγματογνώμονες και το διοικητικό προσωπικό με σύμφωνη γνώμη του Εποπτικού Συμβουλίου.
ε) Καταρτίζει ομάδες εργασίας από τα μέλη του Σ.Ε.Π.Τ.Α. για τη μελέτη συγκεκριμένων θεμάτων.
στ) Αποφασίζει για κάθε θέμα που τίθεται στην κρίση του από το Εποπτικό Συμβούλιο ή τη Γενική Συνέλευση.
ζ) Υποβάλλει προς έγκριση στο Εποπτικό Συμβούλιο τις προτάσεις του Τεχνικού Γραφείου
η) Επικοινωνεί είτε απευθείας, είτε μέσω του Τεχνικού Γραφείου με οργανώσεις της ημεδαπής ή αλλοδαπής που έχουν σχέση με το έργο του.
θ) Συγκαλεί σύμφωνα με τον κανονισμό του άρθρου 27, τη Γενική Συνέλευση του Σ.Ε.Π.Τ.Α.. στην οποία εκθέτει τα πεπραγμένα του για το προηγούμενο έτος και ανακοινώνει σ' αυτήν τον οικονομικό απολογισμό της διαχείρισης του Σ.Ε.Π.Τ.Α. προς έγκριση.
ι) Εκπροσωπεί, με τον πρόεδρο του. το Σ.Ε.Π.Τ.Α. ενώπιον κάθε δικαστικής και διοικητικής η άλλης αρχής.
3. Κάθε λεπτομέρεια σχετική με τη λειτουργία του διοικητικού συμβουλίου καθορίζεται με τον κανονισμό του Σ.Ε.Π.Τ.Α.
