Οι επιχειρησιακοί στόχοι του Εθνικού Μηχανισμού είναι οι εξής:
α. η θεμιτή και πρόσφορη διαχείριση, διάδοση και κάθε άλλης μορφής διάθεση της πληροφορίας, μέσω του Ε.ΓΠ.Σ., από το κυβερνητικό προς το αυτοδιοικητικό επίπεδο και αντίστροφα για τη χάραξη οριζόντιων πολιτικών και τη λήψη αναγκαίων μέτρων,
β. η χάραξη τοπικών και περιφερειακών πολιτικών, στη βάση των αρχών και των προτεραιοτήτων της Ε.Σ.Κ.Ε.,
γ. η εκπόνηση στοχευμένων ρυθμίσεων για την κοινωνική ένταξη και συνοχή,
δ. η εξομάλυνση συντονιστικών δυσχερειών μεταξύ φορέων κοινωνικής πολιτικής, ιδίως δε αυτών, που προωθούν την απασχόληση, την κοινωνική φροντίδα, την εκπαίδευση και την κατάρτιση και ο εντοπισμός περιπτώσεων σύγχυσης ή επικάλυψης αρμοδιοτήτων και ασυμβατότητας των εφαρμοζόμενων πολιτικών,
ε. η αξιολόγηση των μέτρων υλοποίησης της Ε.Σ.Κ.Ε.,
στ. η χρηστή δημοσιονομική διαχείριση και διάθεση των συναφών με την κοινωνική πολιτική εθνικών, κοινοτικών και άλλων πόρων,
ζ. η δίκαιη χωρική κατανομή κοινωνικών υποδομών και υπηρεσιών σε τοπικό και περιφερειακό επίπεδο,
η. η διαμόρφωση διακριτών ρόλων και δράσεων των θεσμικών φορέων, που σχεδιάζουν και υλοποιούν την πολιτική της κοινωνικής αλληλεγγύης,
θ. η διαβούλευση με φορείς κοινωνικών δράσεων σε θέματα κοινωνικής αλληλεγγύης, κοινωνικής ένταξης και συνοχής.
