Τα Κέντρα Εμπειρογνωμοσύνης σπάνιων και πολύπλοκων νοσημάτων έχουν ως σκοπό:
α) τη σωστή διαχείριση ασθενών που πάσχουν από σπάνια νοσήματα ή πολύπλοκες νόσους ή παθήσεις χαμηλού επιπολασμού, την παροχή εξειδικευμένων οδηγιών και την εφαρμογή καλών πρακτικών στη διάγνωση και φροντίδα των ασθενών,
β) την ενίσχυση και βελτίωση της πρόληψης, της διάγνωσης και της παροχής υγειονομικής περίθαλψης υψηλής ποιότητας, προσβάσιμης για όλους τους ασθενείς που πάσχουν από ασθένεια για την οποία απαιτείται ιδιαίτερη συγκέντρωση ειδικών γνώσεων σε τομείς της ιατρικής όπου σπανίζει η εμπειρογνωμοσύνη,
γ) τη διασφάλιση της πρόσβασης των ασθενών σε πολυεπιστημονικές ομάδες επαγγελματιών υγείας, οι οποίες δύνανται να καλύψουν τις διαφορετικές πτυχές του προβλήματος υγείας τους,
δ) την ενοποίηση των γνώσεων όσον αφορά στη διαχείριση των νόσων του πεδίου εμπειρογνωμοσύνης τους,
ε) τη μεγιστοποίηση της αποδοτικότητας στη χρήση των πόρων με τη συγκέντρωσή τους, όπου είναι σκόπιμο,
στ) την ενίσχυση της έρευνας, της επιδημιολογικής επιτήρησης, της μετεκπαίδευσης και της κατάρτισης στους επαγγελματίες της υγείας,
ζ) την προώθηση της ανταλλαγής της εμπειρογνωμοσύνης, εικονικής και υλικής, και την ανάπτυξη και διάδοση πληροφοριών, γνώσεων και βέλτιστων πρακτικών,
η) την εφαρμογή συγκριτικής αξιολόγησης σε θέματα ποιότητας και ασφάλειας των ασθενών,
θ) τη συνεργασία και δικτύωση με άλλα Κέντρα Εμπειρογνωμοσύνης σε εθνικό, ευρωπαϊκό ή και διεθνές επίπεδο, καθώς και με συλλόγους ασθενών του πεδίου δράσης τους.
