1. Η Επιτροπή Ερευνών του Ε.Λ.Κ.Ε. καταρτίζει και υποβάλλει στη Γ.Δ.Ο.Υ. του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων μέχρι την 31η Ιουλίου σχέδιο του συνοπτικού προϋπολογισμού του για το επόμενο έτος.
2. Αν το σχέδιο του συνοπτικού προϋπολογισμού του Ε.Λ.Κ.Ε., που υποβάλλεται δεν είναι συμβατό με το δεσμευτικό στόχο και το επιδιωκόμενο αποτέλεσμα που περιλαμβάνονται στις εγκυκλίους του Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους ή του εποπτεύοντος Υπουργείου, η Γ.Δ.Ο.Υ. του εποπτεύοντος Υπουργείου παρέχει οδηγίες για τη διόρθωση του σχεδίου του συνοπτικού προϋπολογισμού και το επιστρέφει μαζί με τις οδηγίες. Ακολούθως, η Επιτροπή Ερευνών του Ε.Λ.Κ.Ε. διορθώνει, σύμφωνα με τις οδηγίες και υποβάλλει αναθεωρημένο σχέδιο στη Γ.Δ.Ο.Υ. του εποπτεύοντος Υπουργείου μέσα στην προθεσμία που προβλέπεται στις οδηγίες.
3. Ο αναλυτικός προϋπολογισμός του Ε.Λ.Κ.Ε. καταρτίζεται από την Επιτροπή Ερευνών, εγκρίνεται από τη Σύγκλητο και υποβάλλεται προς έγκριση στον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, έως τις 31 Δεκεμβρίου του προηγούμενου από το έτος στο οποίο αναφέρεται ο προϋπολογισμός. Ο αναλυτικός προϋπολογισμός του Ε.Λ.Κ.Ε. εγκρίνεται από τον Υπουργό, ύστερα από εισήγηση του Γενικού Διευθυντή Οικονομικών Υπηρεσιών του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, ως προς τη συμφωνία του με το σχέδιο του συνοπτικού προϋπολογισμού, όπως διαμορφώθηκε σύμφωνα με την παράγραφο 2.
4. Ο αρχικός συνολικός εγκεκριμένος προϋπολογισμός κάθε Ε.Λ.Κ.Ε. δύναται να αναμορφώνεται, κατά τη διάρκεια του έτους, με απόφαση της Επιτροπής, κατόπιν σύμφωνης γνώμης του Π.Ο.Υ. του οικείου Ε.Λ.Κ.Ε. και με την προϋπόθεση τήρησης και διασφάλισης της δημοσιονομικής ουδετερότητας του προϋπολογισμού κάθε έργου. Ο Ε.Λ.Κ.Ε. ενημερώνει τον Γ.Δ.Ο.Υ. του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων για κάθε αναμόρφωση του συνολικού προϋπολογισμού.
5. Τυχόν απόκλιση του εγκεκριμένου αποτελέσματος του προϋπολογισμού από την αντίστοιχη αναμόρφωση, υπό την προϋπόθεση τήρησης δημοσιονομικής ουδετερότητας, δεν αποτελεί λόγο επιβολής κυρώσεων. Η δημοσιονομική ουδετερότητα επιτυγχάνεται με ισόποση αναμόρφωση των εσόδων του προϋπολογισμού των έργων εντός του ιδίου έτους που εκτελείται ο προϋπολογισμός ή στο αμέσως επόμενο, της εκτέλεσης του προϋπολογισμού, οικονομικό έτος, σε περιπτώσεις αναμόρφωσης των δαπανών των έργων του Ε.Λ.Κ.Ε..
