1. Ο τακτικός έλεγχος της οικονομικής διαχείρισης του Ε.Λ.Κ.Ε., καθώς και ο έλεγχος των χρηματοοικονομικών καταστάσεων, σύμφωνα με τα ΕΛΠ, πραγματοποιούνται με απόφαση της Συγκλήτου κάθε χρόνο από ορκωτό ελεγκτή. Οι δαπάνες του ελέγχου βαρύνουν τον Ε.Λ.Κ.Ε..
2. Ο έλεγχος ενεργείται με βάση τα προβλεπόμενα από τα ΕΛΠ παραστατικά, καθώς και τυχόν σχετικές αποφάσεις της Συγκλήτου και της Επιτροπής του Ε.Λ.Κ.Ε., τα οποία τηρούνται για κάθε πραγματοποιούμενη δαπάνη και χωριστά για κάθε εκτελούμενο έργο.
3. Το διαχειριστικό έτος του Ε.Λ.Κ.Ε. συμπίπτει με το οικονομικό έτος.
4. Οι ορκωτοί ελεγκτές που ασκούν τον τακτικό έλεγχο οικονομικής διαχείρισης του Ε.Λ.Κ.Ε. συντάσσουν έκθεση για τη διαχείριση και τον απολογισμό του διαχειριστι 1998 Τεύχος Α’ 114/04.08.2017 κού έτους που έληξε σύμφωνα με τα ΕΛΠ. Οι εκθέσεις υποβάλλονται στον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, τον Υπουργό Οικονομικών, στη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων του Υπουργείου Οικονομικών, το Ελεγκτικό Συνέδριο, τη Σύγκλητο του Α.Ε.Ι. και την Επιτροπή Ερευνών του οικείου Ε.Λ.Κ.Ε..
5. Είναι δυνατή η διενέργεια έκτακτων ελέγχων από τη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων του Υπουργείου Οικονομικών.