1. Οι διατάξεις των άρθρων 30 έως και 45 δεν θίγουν τις διατάξεις:
α) του ν. 2552/1997 (Α΄ 266) για το Ελληνικό Ανοιχτό Πανεπιστήμιο (Ε.Α.Π.) και του ν. 3391/2005 (Α΄ 240) για το Διεθνές Πανεπιστήμιο της Ελλάδος (ΔΙ.ΠΑ.Ε.). Το ΔΙ.ΠΑ.Ε. μπορεί να οργανώνει και να λειτουργεί Π.Μ.Σ. σε Σχολές του, ακόμα και αν δεν παρέχονται σε αυτές σπουδές πρώτου κύκλου,
β) του άρθρου 3 του ν. 2194/1994 (Α΄ 34) για την Εθνική Σχολή Δημόσιας Υγείας,
γ) που ισχύουν σχετικά με την οργάνωση και λειτουργία μεταπτυχιακών προγραμμάτων σπουδών από Τμήματα και Σχολές της τριτοβάθμιας εκπαίδευσης πλην των Α.Ε.Ι..
2.α) Π.Μ.Σ. που θα λειτουργήσουν το ακαδημαϊκό έτος 2017-2018 μπορεί να ακολουθήσουν τη διαδικασία ίδρυσης ή επανίδρυσης σύμφωνα με το άρθρο 32. Σε κάθε περίπτωση για τη λειτουργία και εγγραφή φοιτητών σε Π.Μ.Σ. κατά το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 είναι αναγκαία η ίδρυση νέων ή επανίδρυση των ήδη υφιστάμενων, σύμφωνα με τις κείμενες κατά την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου διατάξεις Π.Μ.Σ., σύμφωνα με το άρθρο 32. Τα Ιδρύματα στα οποία πρόκειται να λειτουργήσουν Π.Μ.Σ., σύμφωνα με το προηγούμενο εδάφιο, αποστέλλουν στο Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, την απόφαση ίδρυσης του άρθρου 32 το αργότερο έως τις 30.4.2018.
β) Κατ’ εξαίρεση οι φοιτητές που έχουν ήδη εγγραφεί σε Π.Μ.Σ. κατά την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου, καθώς και οι φοιτητές που εγγράφονται και αρχίζουν τη φοίτηση το ακαδημαϊκό έτος 2017-2018 σε Π.Μ.Σ. ιδρυθέν έως τη δημοσίευση του παρόντος, συνεχίζουν και ολοκληρώνουν το πρόγραμμα, σύμφωνα με τις ισχύουσες, έως την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου, διατάξεις.
3. Η προθεσμία του τρίτου εδαφίου της παραγράφου 6 του άρθρου 32 περί αναπομπής από τον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων της απόφασης ίδρυσης Π.Μ.Σ., είναι εξήντα (60) ημέρες για την πρώτη εφαρμογή του νόμου, ήτοι για την πρώτη απόφαση ίδρυσης που θα εκδοθεί για κάθε Π.Μ.Σ., σύμφωνα με τις διατάξεις του παρόντος νόμου.
4. Με απόφαση του Υπουργού Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, η προθεσμία της περίπτωσης α΄ της παραγράφου 2 μπορεί να παρατείνεται για τα Π.Μ.Σ. που λειτουργούν σύμφωνα με το άρθρο 10 του ν. 3685/2008 σε συνδυασμό με την παρ. 11 του άρθρου 80 του ν. 4009/2011 (Α΄ 195) και κάθε άλλο σχετικό θέμα.
5. Οι διατάξεις του παρόντος νόμου εφαρμόζονται και για τους υποψήφιους διδάκτορες που έχουν γίνει δεκτοί πριν από την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου, εφόσον δεν έχει οριστεί, κατά την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου, η επταμελής εξεταστική επιτροπή του άρθρου 41.
6. Τα Α.Ε.Ι. οφείλουν, μέσα σε προθεσμία έξι (6) μηνών από την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου: α) να δημοσιοποιήσουν τον απολογισμό της παραγράφου 6 του άρθρου 37 και να τον κοινοποιήσουν στο Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, για τη χρονική περίοδο των ετών 2012 έως 2017, και β) να καταρτίσουν και να δημοσιεύσουν τους Κανονισμούς του άρθρου 45.
7. Οι Σχολές οφείλουν να καταρτίσουν το μητρώο αξιολογητών και να συγκροτήσουν την Επιστημονική Συμβουλευτική Επιτροπή (Ε.Σ.Ε.), σύμφωνα με τις παραγράφους 3 και 4 του άρθρου 44 έως τον Σεπτέμβριο του έτους 2018, άλλως μέσα σε προθεσμία δύο (2) μηνών από την ίδρυση κάθε Π.Μ.Σ..
