Οι Τομεακοί Γραμματείς τίθενται επικεφαλής της διοικητικής ιεραρχίας των Γενικών Γραμματειών του άρθρου 51 του Κώδικα Νομοθεσίας για την Κυβέρνηση και τα κυβερνητικά όργανα (π.δ. 63/2005) και των Γενικών Γραμματειών που έχουν συσταθεί με άλλες διατάξεις και οι αρμοδιότητές τους συνίστανται ιδίως στα εξής:
α. Η επικουρία του Υπουργού ή και του Υφυπουργού, στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων τους, κατά τη διαδικασία σχεδιασμού των δημόσιων πολιτικών της Γενικής Γραμματείας και προσδιορισμού των στρατηγικών της στόχων.
β. Ο συντονισμός των οργανικών μονάδων της Γενικής Γραμματείας προς την κατεύθυνση εξυπηρέτησης των στρατηγικών της στόχων και υλοποίησης των σχεδιαζόμενων πολιτικών.
γ. Η διασφάλιση συντονισμού των υπηρεσιών της Γενικής Γραμματείας κατά τη διαχείριση κρίσεων.
δ. Η εκτέλεση και εφαρμογή των πολιτικών της Γενικής Γραμματείας, όπως αυτές καθορίζονται από την Κυβέρνηση και τα όργανά της.
ε. Η καθοδήγηση των προϊσταμένων των υπηρεσιών της Γενικής Γραμματείας κατά τη διαδικασία περαιτέρω εξειδίκευσης των στρατηγικών στόχων που έχουν τεθεί από τον Υπουργό και η παρακολούθηση υλοποίησης αυτών.
στ. Η παρακολούθηση εκτέλεσης του προϋπολογισμού και επίτευξης των δημοσιονομικών στόχων.
ζ. Η ευθύνη για την εύρυθμη λειτουργία των υπηρεσιών της Γενικής Γραμματείας.
η. Η προσυπογραφή όλων των εγγράφων που υπογράφονται από τον Υπουργό ή τον Υφυπουργό, κατά το μέρος της αρμοδιότητάς τους, εφόσον προέρχονται από τις υπαγόμενες σε αυτούς υπηρεσίες.
θ. Η κατάρτιση ετήσιας έκθεσης προς τον Υπουργό ή και τον Υφυπουργό, κατά το μέρος της αρμοδιότητάς τους, για την πορεία υλοποίησης των πολιτικών και στρατηγικών στόχων της Γενικής Γραμματείας.
ι. Η αξιολόγηση του προσωπικού της Γενικής Γραμματείας σύμφωνα με το ισχύον κανονιστικό πλαίσιο.
ια. Οι αρμοδιότητες που μεταβιβάζονται σε αυτούς σύμφωνα με την παρ. 1 του άρθρου 54 Κώδικα Νομοθεσίας για την Κυβέρνηση και τα κυβερνητικά όργανα (π.δ. 63/2005), μεταξύ των οποίων μπορεί να περιλαμβάνονται:
- Η έκδοση εγκυκλίων προς τις αρμόδιες υπηρεσίες για τα θέματα αρμοδιότητάς τους.
- Η πολιτική διαχείρισης του ανθρώπινου δυναμικού των υπηρεσιών του Υπουργείου, των οποίων προΐστανται.
- Η εκπροσώπηση των υπηρεσιών του Υπουργείου, των οποίων προΐστανται, σε εθνικό, ενωσιακό και διεθνές επίπεδο.
ιβ. Κάθε άλλη εκ του νόμου απονεμόμενη σε αυτούς αρμοδιότητα.