1. Ο έλεγχος της οικονομικής διαχείρισης του Μουσείου διενεργείται από την Εξελεγκτική Επιτροπή που ορίζεται σύμφωνα με το άρθρο 2 παρ.1 περ. ζ΄ του ν. 2557/1997.
2. Ο έλεγχος αυτός περιλαμβάνει: α) τον έλεγχο απάντων των λογαριασμών του Μουσείου τόσο των περιλαμβανομένων στον προϋπολογισμό του όσο και των τυχόν υπαρχόντων εκτός προϋπολογισμού, β) τον έλεγχο των πάσης φύσεως δαπανών που πραγματοποιούνται από το Μουσείο, γ) την παρακολούθηση των εσόδων του Μουσείου, δ) τη γνωμοδότηση επί του οικονομικού απολογισμού και του Ισολογισμού του Μουσείου. Για το διενεργούμενο έλεγχο η Εξελεγκτική Επιτροπή συντάσσει ανά έτος πόρισμα με τα ευρήματα του ελέγχου της το οποίο επιδίδει προς ενημέρωση στα όργανα του Ε.Μ.Σ.Τ., το Διοικητικό Συμβούλιο και τον Διευθυντή αυτού.