Στο ΕΜΣΤ συνιστάται αυτοτελές τμήμα με την ονομασία «Κέντρο Σύγχρονης Τέχνης», που ανήκει οργανικά και λειτουργεί στο πλαίσιο του ΕΜΣΤ και υπάγεται ιεραρχικά στο Διοικητικό Συμβούλιο. Στους σκοπούς του «Κέντρου Σύγχρονης Τέχνης» περιλαμβάνεται η παρουσίαση, τεκμηρίωση και ενίσχυση της εργασίας του σύγχρονου ελληνικού και ξένου καλλιτεχνικού δυναμικού, καθώς και η ενημέρωση του ελληνικού κοινού για την πολλαπλότητα των σύγχρονων πνευματικών αναζητήσεων, γλωσσών και μορφών έκφρασης παγκοσμίως. Οι σκοποί αυτοί εκπληρώνονται μέσα στα πλαίσια της λειτουργίας του Μουσείου και ιδίως με: α) την παραγωγή και διοργάνωση θεματικών εκθέσεων, που έχουν αντικείμενο την παρουσίαση θεωρητικών ερμηνειών και προτάσεων του κόσμου της σύγχρονης τέχνης από Έλληνες και ξένους θεωρητικούς, β) τη διοργάνωση ατομικών εκθέσεων Ελλήνων και ξένων καλλιτεχνών, είτε αναδρομικού χαρακτήρα είτε με την παραγωγή και παρουσίαση ανέκδοτων και πρωτότυπων έργων, γ) την πλαισίωση των εκθέσεων με διαλέξεις, συζητήσεις, προβολές διαφανειών, βίντεο και άλλων μέσων με αντικείμενο τη διερεύνηση της ιστορίας της σύγχρονης τέχνης, με τη συμμετοχή Ελλήνων και ξένων ειδικών κ.λπ..