Οι Υπηρεσίες της Ε.Υ.Π. έχουν τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
1. Διεύθυνση Επιτελικού Σχεδιασμού.
Είναι αρμόδια για το σχεδιασμό, τις κατευθύνσεις και τους στόχους της Υπηρεσίας σύμφωνα με τις εντολές και οδηγίες της Διοίκησης καθώς και για τη γραμματειακή υποστήριξη του Διοικητή και των Υποδιοικητών, του Συντονιστικού Συμβουλίου Διαχείρισης Πληροφοριών, του Συμβουλίου Πληροφοριών, της Υπηρεσίας Ιστορικού Αρχείου και των Γραφείων του Νομικού Συμβούλου και του Εισαγγελέα.
2. Διεύθυνση Εσωτερικών και Διεθνών Σχέσεων
Είναι αρμόδια για θέματα συνεργασίας της Ε.Υ.Π. με εθνικούς φορείς και Ξένες Υπηρεσίες Πληροφοριών.
3. Διεύθυνση Εσωτερικής Ασφάλειας.
Είναι αρμόδια για τη σχεδίαση και υλοποίηση του έργου της συλλογής, επεξεργασίας και διανομής στις αρμόδιες αρχές των πάσης φύσεως πληροφοριών που αφορούν στην αντιμετώπιση της κατασκοπευτικής δραστηριότητας εις βάρος της χώρας, στην προάσπιση του δημοκρατικού πολιτεύματος και εν γένει των εθνικών συμφερόντων. Επίσης, συλλέγει, επεξεργάζεται και παρέχει πληροφορίες και εκτιμήσεις για τρομοκρατικές απειλές και για δραστηριότητες ομάδων οργανωμένου εγκλήματος.
4. Διεύθυνση Εξωτερικών Υποθέσεων.
Είναι αρμόδια για την αναζήτηση, συλλογή, ανάλυση, επεξεργασία και γνωστοποίηση στις αρμόδιες αρχές πληροφοριακού υλικού που αφορά στην πολιτικοοικονομική κατάσταση και ασφάλεια των χωρών του εγγύς και ευρύτερου περιβάλλοντος της χώρας.
5. Διεύθυνση Ηλεκτρονικών Πληροφοριών.
Είναι αρμόδια για τη συλλογή πληροφοριών από και με ηλεκτρονικά μέσα, την ανάπτυξη και διαχείριση των δικτύων επικοινωνιών της Κεντρικής Υπηρεσίας με τις Ηλεκτρονικές Μονάδες και την υποστήριξη των Ενόπλων Δυνάμεων (Ε.Δ.) και των Υπηρεσιών του Δημόσιου Τομέα σε θέματα κρυπτασφάλειας.
6. Διεύθυνση Πληροφοριακών Συστημάτων.
Είναι αρμόδια για την ανάπτυξη, υποστήριξη και διαχείριση των συστημάτων πληροφορικής και των εν γένει δικτύων.
7. Διεύθυνση Κυβερνοχώρου
Είναι αρμόδια:
α) για τεχνικής φύσεως θέματα ασφάλειας πληροφοριών (INFOSEC) και ειδικότερα για την ασφάλεια των εθνικών επικοινωνιών, των συστημάτων τεχνολογίας πληροφοριών καθώς και για την αξιολόγηση και πιστοποίηση των διαβαθμισμένων συσκευών και συστημάτων ασφάλειας επικοινωνιών και πληροφορικής,
β) για τη συλλογή, την επεξεργασία δεδομένων και την ενημέρωση των αρμόδιων φορέων καθώς και για την, κατά περίπτωση, στατική και ενεργητική αντιμετώπιση των ηλεκτρονικών επιθέσεων κατά των κρίσιμων υποδομών της χώρας και ειδικότερα κατά των δικτύων επικοινωνιών, εγκαταστάσεων αποθήκευσης πληροφοριών και συστημάτων πληροφορικής,
γ) για τον έλεγχο και την αξιολόγηση ασφάλειας συστημάτων καθώς και για τη συλλογή, εξόρυξη (data mining) και εκμετάλλευση δεδομένων.
8. Διεύθυνση Διοικητικής Υποστήριξης και Ανθρωπίνων Πόρων.
Είναι αρμόδια για τη γραμματειακή υποστήριξη και την τήρηση αρχείων της Υπηρεσίας καθώς και για θέματα που αφορούν στην υπηρεσιακή κατάσταση και εκπαίδευση του προσωπικού, στην οργάνωση, στα οικονομικά και στις συμβάσεις της Ε.Υ.Π.
9. Διεύθυνση Οικονομικής Διαχείρισης και Υποδομών.
Είναι αρμόδια για θέματα διοικητικής μέριμνας, διαχείρισης χρηματικού, υλικών και μέσων, τεχνικής υποστήριξης που αφορά στην παρακολούθηση και εκτέλεση τεχνικών έργων καθώς και στον έλεγχο καλής λειτουργίας και στη συντήρηση κτιριακών, ηλεκτρομηχανολογικών εγκαταστάσεων και οχημάτων της Κεντρικής Υπηρεσίας.
10. Διεύθυνση Ασφάλειας.
Είναι αρμόδια για θέματα ασφάλειας εν γένει των υπηρετούντων στην Ε.Υ.Π., των υλικών, των μέσων και των εγκαταστάσεων αυτής.
11. Τμήμα Ελεγκτικού.
Είναι αρμόδιο για τις οικονομικές επιθεωρήσεις των Διαχειρίσεων Χρηματικού και Υλικού της Ε.Υ.Π.
12. Υπηρεσία Ιστορικού Αρχείου.
Είναι αρμόδια για την ταξινόμηση και αξιοποίηση των εγγράφων και του οπτικοακουστικού υλικού της Ε.Υ.Π.
13. Υπηρεσία Ιστορικού Μουσείου.
Είναι αρμόδια για την ταξινόμηση και συντήρηση υλικών μουσειακής αξίας.
14. Γραφείο Ασφάλειας Συστημάτων
Είναι αρμόδιο για τον έλεγχο των συστημάτων της Υπηρεσίας.
15. Περιφερειακές Μονάδες.
Παρέχουν πληροφοριακή υποστήριξη, υποβοηθώντας το έργο της Κεντρικής Υπηρεσίας της Ε.Υ.Π.
