1. Της Ε.Υ.Π. και του προσωπικού της προΐσταται ο Διοικητής, ο οποίος ασκεί τη διοίκηση της Υπηρεσίας, καθοδηγεί, συντονίζει, εποπτεύει, ελέγχει το έργο της και είναι υπεύθυνος έναντι του Υπουργού Εσωτερικών για την άσκηση των καθηκόντων του.
2. Τον Διοικητή της Ε.Υ.Π. βοηθούν στο έργο του οι δύο Υποδιοικητές.