Η Γενική Συνέλευση του Π.Ι.Σ. αποτελείται από εκπροσώπους που εκλέγονται από τις Γενικές Συνελεύσεις των Ιατρικών Συλλόγων, με βάση τον αριθμό των μελών τους κατά την ακόλουθη αναλογία:
α) Σύλλογοι που αριθμούν μέχρι πενήντα (50) μέλη, εκλέγουν έναν (1) εκπρόσωπο.
β) Σύλλογοι που αριθμούν μέχρι διακόσια (200) μέλη, εκλέγουν δύο (2) εκπροσώπους.
γ) Σύλλογοι που αριθμούν μέχρι πεντακόσια (500) μέλη, εκλέγουν τέσσερις (4) εκπροσώπους.
δ) Σύλλογοι που αριθμούν μέχρι χίλια (1.000) μέλη, εκλέγουν έξι (6) εκπροσώπους.
ε) Σύλλογοι που αριθμούν μέχρι δύο χιλιάδες (2.000) μέλη, εκλέγουν δέκα (10) εκπροσώπους.
στ) Σύλλογοι που αριθμούν μέχρι τρεις χιλιάδες (3.000) μέλη, εκλέγουν δεκαπέντε (15) εκπροσώπους.
ζ) Σύλλογοι που αριθμούν άνω των τριών χιλιάδων (3.000) μελών, εκλέγουν έναν (1) επί πλέον εκπρόσωπο για κάθε χίλια (1.000) πέραν των τριών χιλιάδων (3.000), μέλη.
Στις γενικές συνελεύσεις του Πανελληνίου Ιατρικού Συλλόγου συμμετέχουν επίσης και οι πρόεδροι όλων των Ιατρικών Συλλόγων της χώρας ή οι νόμιμοι αναπληρωτές τους, μετά ψήφου.
