1. Για την καταβολή του Α.ΝΗ.ΚΟ. απαιτείται η υποβολή αίτησης πιστοποίησης.
Η διαδικασία περιλαμβάνει τα ακόλουθα στάδια:
α) Η αίτηση υποβάλλεται ηλεκτρονικά από πρόσωπο που υποβάλλει τη δήλωση φορολογίας εισοδήματος της ωφελούμενης μονάδας ή της ωφελούμενης επιχείρησης, χρησιμοποιώντας τους κωδικούς πρόσβασης του πληροφοριακού συστήματος TAXISnet. Σε περίπτωση που οι σύζυγοι η τα μέρη του συμφώνου συμβίωσης υποβάλλουν χωριστή φορολογική δήλωση, η αίτηση υποβάλλεται από καθέναν/καθεμία χωριστά και για τυχόν εξαρτώμενα μέλη του/της.
β) Με απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής, ορίζονται τα ειδικότερα κριτήρια υπαγωγής του δικαιούχου στη δυνατότητα υποβολής της παραπάνω αίτησης σε έγχαρτη μορφή.
γ) Όλα τα δεδομένα που συγκεντρώνονται και αφορούν σε προσωπικά στοιχεία, στη σύνθεση του νοικοκυριού, σε φορολογικά και οικονομικά στοιχεία, χρησιμοποιούνται αποκλειστικά και μόνο για τις ανάγκες επεξεργασίας των αιτήσεων καταβολής του Α.ΝΗ.ΚΟ.
δ) Η συμπλήρωση αριθμού λογαριασμού ΙΒΑΝ του αιτούντος είναι απαραίτητη. Ο αιτών φέρει την ευθύνη για τη συμπλήρωση αριθμού λογαριασμού, ο οποίος είναι έγκυρος και ενεργός και στον οποίο είναι υποχρεωτικά είτε αποκλειστικός δικαιούχος είτε συνδικαιούχος.
2. Μετά την οριστική υποβολή της αίτησης, ο αιτών ενημερώνεται αυτόματα για την υποβολή της και του χορηγείται μοναδικός αριθμός παρακολούθησής της (Μοναδικός Αριθμός Νησιώτη - M.A.N.). Ταυτόχρονα πληροφορείται το χρηματικό ποσό (ωφελούμενη επιχείρηση) ή το μέγιστο αριθμό των εισιτηρίων που αντιστοιχούν στην ωφελούμενη μονάδα, σύμφωνα με το άρθρο 4 περίπτωση γ' ανά ημερολογιακό έτος.
3. Στο Υπουργείο Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής συστήνεται άμισθη τριμελής επιτροπή για την εξέταση ενδικοφανών προσφυγών που υποβάλλουν οι αιτούντες κατά της απόφασης πιστοποίησης. Η επιτροπή συγκροτείται με απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής και αποτελείται από υπαλλήλους της Γενικής Γραμματείας Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής. Ο αιτών υποβάλλει την προσφυγή μέσα σε είκοσι (20) ημέρες από την έκδοση της απόφασης πιστοποίησης.
