1. Όργανα διοίκησης των Κ.Ε.Σ.Υ. είναι ο Προϊστάμενος και ο Σύλλογος Εκπαιδευτικού Προσωπικού.
2. Προϊστάμενος του Κ.Ε.Σ.Υ. επιλέγεται εκπαιδευτικός ή μέλος του Ειδικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού (Ε.Ε.Π.), σύμφωνα με τα άρθρα 21 έως 36. Ο Προϊστάμενος ασκεί διοικητικά, επιστημονικά και παιδαγωγικά καθήκοντα και εποπτεύεται, ως προς την άσκηση των διοικητικών καθηκόντων του, από τον Περιφερειακό Διευθυντή Εκπαίδευσης και, ως προς την άσκηση των επιστημονικών και παιδαγωγικών καθηκόντων του, από το οικείο ΠΕ.Κ.Ε.Σ., σύμφωνα με την παράγραφο 6. Ο Προϊστάμενος του Κ.Ε.Σ.Υ. παρίσταται στις συνεδριάσεις της Ολομέλειας του οικείου ΠΕ.Κ.Ε.Σ. που αφορούν τον προγραμματισμό της δράσης του τελευταίου, καθώς και σε κάθε άλλη περίπτωση που καλείται να παραστεί.
3. Σε κάθε Κ.Ε.Σ.Υ. συνιστάται Σύλλογος Εκπαιδευτικού Προσωπικού που αποτελείται από το σύνολο των εκπαιδευτικών και των μελών του Ε.Ε.Π. που υπηρετούν στο Κ.Ε.Σ.Υ. και λειτουργεί ως διεπιστημονική ομάδα, η οποία οργανώνει το σύνολο των παρεμβάσεων του Κέντρου στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων του. Για τη βέλτιστη αντιμετώπιση συγκεκριμένων εκπαιδευτικών και επιστημονικών θεμάτων, ο Σύλλογος Εκπαιδευτικού Προσωπικού συγκροτεί διεπιστημονικές υποομάδες προσωπικού. Ο αριθμός, η σύνθεση, το έργο και η διάρκεια των διεπιστημονικών υποομάδων καθορίζονται ανάλογα με τις ανάγκες και το είδος των ζητημάτων που αντιμετωπίζουν. Η λειτουργία των διεπιστημονικών υποομάδων, οι επισκέψεις των διεπιστημονικών υποομάδων στις σχολικές μονάδες και τα θέματα που αφορούν τη συνεργασία των υποομάδων αυτών με τις σχολικές μονάδες και τους εκπαιδευτικούς καθορίζονται με τον Ενιαίο Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας των Κ.Ε.Σ.Υ. που εκδίδεται σύμφωνα με την περίπτωση γ΄ της παραγράφου 1 του άρθρου 18.
4. Με ευθύνη του Προϊσταμένου του Κ.Ε.Σ.Υ., ο Σύλλογος Εκπαιδευτικού Προσωπικού συνεδριάζει τακτικά μία φορά το μήνα και έκτακτα όποτε κρίνεται αναγκαίο και αποφασίζει για:
α) τον ετήσιο προγραμματισμό των δράσεων του Κέντρου, στην αρχή του σχολικού έτους, με τη θέση συγκεκριμένων στόχων για την επίτευξη της αποστολής του, σύμφωνα με το άρθρο 7,
β) την παρακολούθηση της υλοποίησης του προγραμματισμού, κατά τη διάρκεια του σχολικού έτους, με σκοπό την επανεξέταση και την ανατροφοδότηση του προγραμματισμού αυτού, καθώς και τη διαρκή βελτίωση της ποιότητας του παρεχόμενου έργου,
γ) την τελική αποτίμηση του ετήσιου προγραμματισμού δράσης, κατά τη λήξη του σχολικού έτους, με σκοπό την εκτίμηση του βαθμού επίτευξης των στόχων που είχαν τεθεί, τον εντοπισμό των δυσκολιών και των προβλημάτων που αντιμετωπίστηκαν κατά την υλοποίηση του προγραμματισμού, καθώς και τη διατύπωση προτάσεων βελτίωσης για το επόμενο σχολικό έτος.
5. Οι εκθέσεις του προγραμματισμού δράσης και της τελικής αποτίμησης του Κ.Ε.Σ.Υ. υποβάλλονται στο οικείο ΠΕ.Κ.Ε.Σ. Στοιχεία των εκθέσεων αυτών καταχωρίζονται, με ευθύνη του Προϊσταμένου του Κ.Ε.Σ.Υ., στο ηλεκτρονικό σύστημα της παρ. 2 του άρθρου 7 του ν. 3848/2010, σε ειδικά διαμορφωμένα για το σκοπό αυτόν πεδία.
6. Για την παρακολούθηση της υλοποίησης του προγραμματισμού δράσης και την παιδαγωγική και επιστημονική εποπτεία του Κ.Ε.Σ.Υ. από το οικείο ΠΕ.Κ.Ε.Σ., με απόφαση της Ολομέλειας του ΠΕ.Κ.Ε.Σ., συγκροτείται τριμελής επιτροπή παρακολούθησης, η οποία αποτελείται από το Συντονιστή Εκπαιδευτικού Έργου Ειδικής Αγωγής και Ενταξιακής Εκπαίδευσης, ένα (1) Συντονιστή Εκπαιδευτικού Έργου των κλάδων ΠΕ60 ή ΠΕ70 και ένα (1) Συντονιστή Εκπαιδευτικού Έργου που προέρχεται από τους κλάδους της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης.
