1. Η Αρχή καταρτίζει δικό της προϋπολογισμό που συντάσσεται με ευθύνη του Προέδρου της. Κατά την εκτέλεση του προϋπολογισμού της διαθέτει πλήρη αυτοτέλεια και δεν απαιτείται σύμπραξη άλλου οργάνου. Διατάκτης είναι ο Πρόεδρος της Αρχής.
2. Ο προϋπολογισμός καταρτίζεται σε ετήσια βάση και υποβάλλεται απευθείας στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους, σύμφωνα με τη διαδικασία που προβλέπεται στο Δημόσιο Λογιστικό.
3. Η εκτέλεση του προϋπολογισμού της Αρχής ανήκει αποκλειστικά σε αυτήν, στο πλαίσιο της πλήρους αυτοτέλειάς της. Επιτρέπεται η μεταφορά πιστώσεων από έναν λογαριασμό σε άλλον και μεταξύ διαφορετικών μειζόνων κατηγοριών, σύμφωνα με τις ανάγκες της Αρχής, με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών εφόσον δεν τροποποιείται το συνολικό ύψος του προϋπολογισμού που έχει αρχικώς εγκριθεί από τη Βουλή. Οι δαπάνες της Αρχής διενεργούνται σύμφωνα με τις εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις της ανάληψης υποχρεώσεων από τους διατάκτες, καθώς και του δημοσίου λογιστικού. Η μεταφορά πιστώσεων γίνεται με απόφαση της Αρχής και κοινοποιείται στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους.
4. Ο προϋπολογισμός της Αρχής μπορεί να τροποποιείται με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών, κατόπιν εισήγησης της Αρχής, που υποβάλλεται στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους.
5. Η Αρχή μπορεί να μετέχει σε εθνικά, ευρωπαϊκά ή συγχρηματοδοτούμενα ερευνητικά ή άλλα προγράμματα. Για τον σκοπό αυτόν η Αρχή, με απόφαση του Προέδρου της, μπορεί να ανοίγει απλό τραπεζικό λογαριασμό υπό την ομάδα λογαριασμών 260 – Ταμειακή Διαχείριση στην Τράπεζα της Ελλάδος, στον οποίο θα μεταφέρονται οι πιστώσεις από τα προγράμματα αυτά και από άλλους πόρους από την άσκηση των αρμοδιοτήτων της που προβλέπονται από τον ΓΚΠΔ ή τον νόμο. Η διαχείριση και ο έλεγχος του ανωτέρω ειδικού λογαριασμού ρυθμίζονται από τον ειδικό κανονισμό του άρθρου 2 παράγραφος 3 του ν. 3051/2002. Η Αρχή έχει πλήρη αυτοτέλεια στη διαχείριση του λογαριασμού αυτού. Τα έσοδα της Αρχής αποτελούν έσοδα του Κρατικού Προϋπολογισμού.
6. Για τη συμμετοχή των μελών και του προσωπικού της Αρχής σε συλλογικά όργανα που συγκροτούνται στο πλαίσιο πραγματοποίησης έργων χρηματοδοτούμενων από Ευρωπαϊκά Διαρθρωτικά και Επενδυτικά Ταμεία ή από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων, εφαρμόζονται αναλόγως οι διατάξεις των παραγράφων 2, 3 και 5 του άρθρου 21 του ν. 4354/2015 (Α΄ 176), υπό την προϋπόθεση ότι οι σχετικές δαπάνες βαρύνουν τις ως άνω πηγές χρηματοδότησης και δεν προκαλούν επιβάρυνση στον Κρατικό Προϋπολογισμό.
7. Η άσκηση του οικονομικού ελέγχου της Αρχής διεξάγεται με τρόπο που να μην παρεμποδίζει τη λειτουργία της και να μην επηρεάζει την ανεξαρτησία της.
