Με αποφάσεις του Διοικητή της Ανεξάρτητης Αρχής Δημοσίων Εσόδων καθορίζεται κάθε σχετικό θέμα με τις διαδικασίες του παρόντος Κεφαλαίου, και ιδίως:
α) η διαδικασία υποβολής της ένστασης επί αμφισβητούμενης διαφοράς και το περιεχόμενο αυτής,
β) οι αρμόδιες υπηρεσίες για την εξέτασή της, η διαδικασία έκδοσης της απόφασης της Αρμόδιας Αρχής σχετικά με την ένσταση και το περιεχόμενο αυτής,
γ) η συγκρότηση και διαδικασία επίλυσης διαφορών από τη Συμβουλευτική Επιτροπή ή την Επιτροπή Εναλλακτικής Επίλυσης Διαφορών, καθώς και οι κανόνες λειτουργίας των Επιτροπών αυτών,
δ) η διαδικασία καταβολής των αμοιβών και εξόδων των ανεξάρτητων προσώπων,
ε) η διαδικασία επίτευξης της συμφωνίας αμοιβαίου διακανονισμού ή της οριστικής απόφασης,
στ) κάθε ειδικότερο θέμα σχετικά με την κοινοποίηση στο θιγόμενο πρόσωπο του αποτελέσματος των διαδικασιών του παρόντος Κεφαλαίου,
ζ) το περιεχόμενο της απόφασης αμοιβαίου διακανονισμού,
η) η δημοσίευση των συμφωνιών αμοιβαίου διακανονισμού και των οριστικών αποφάσεων,
θ) η διαδικασία και οι ειδικότερες προϋποθέσεις εφαρμογής της παρ. 2 του άρθρου 48.
