1. Η Επιτελική Δομή ΕΣΠΑ έχει ως αποστολή την υποστήριξη του Υπουργείου και των φορέων που εποπτεύονται από αυτό στην αποτύπωση, ιεράρχηση και εξειδίκευση των αναγκών στο σύνολο των τομέων πολιτικής του κάθε Υπουργείου και την ενίσχυση της διοικητικής ικανότητας του Υπουργείου και των εποπτευομένων φορέων σε σχέση με τα ΕΠ του ΕΣΠΑ. Ειδικότερα έχουν την αρμοδιότητα του σχεδιασμού των πολιτικών του Υπουργείου, του προγραμματισμού, της εξειδίκευσης, της προετοιμασίας και της υλοποίησης έργων ή δράσεων που χρηματοδοτούνται από τα ΕΔΕΤ μέσω των ΕΠ του ΕΣΠΑ της περιόδου 2014-2020 και άλλων προγραμμάτων.
2. Σε κάθε Υπουργείο δύναται να συνιστάται Ειδική Υπηρεσία με την ονομασία «Επιτελική Δομή ΕΣΠΑ», στην οποία προστίθεται η ονομασία κάθε Υπουργείου. Η επιτελική δομή υπάγεται στον οικείο Υπουργό, Γενικό ή Ειδικό Γραμματέα αλλά δεν εντάσσεται στον οργανισμό του οικείου Υπουργείου.
