Ο φορέας λειτουργίας υδατοδρομίου καθορίζει τα τιμολόγια των παρεχόμενων από αυτόν υπηρεσιών. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών, Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας, Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων και Ναυτιλίας και Αιγαίου, καθορίζονται τα κατώτατα και ανώτατα όρια του ύψους των τιμολογίων αυτών. Για τον καθορισμό των τιμών παροχής υπηρεσιών κάθε υδατοδρομίου, όπως και των κατώτατων και ανώτατων ορίων αυτών που ορίζονται με την κοινή υπουργική απόφαση, λαμβάνονται ιδίως υπόψη ο αριθμός των επιβατών, το βάρος του μεταφερόμενου φορτίου και ταχυδρομείου, καθώς και τα φυσικά χαρακτηριστικά των αεροσκαφών.