1. Η Ολομέλεια του Συμβουλίου εκλέγει:
α) Τον Πρόεδρο και τα μέλη της Συντονιστικής Επιτροπής του. Στη Συντονιστική Επιτροπή μετέχει υποχρεωτικά τουλάχιστον ένας (1) εκπρόσωπος από κάθε κατηγορία Διαμεσολαβητών (Δημοτικών και Περιφερειακών).
β) Τους εκπροσώπους των Διαμεσολαβητών στην ειδική επιτροπή της παραγράφου 3 του άρθρου 162.
2. Η Ολομέλεια του Συμβουλίου συνέρχεται κατ’ ελάχιστο δύο (2) φορές το χρόνο ή όποτε κριθεί απαραίτητο ή ζητηθεί από το ένα τρίτο (1/3) των μελών του ή από τον Υπουργό Εσωτερικών. Στο Συμβούλιο δύναται να καλείται και να παρίσταται και ο Συνήγορος του Πολίτη.
3. Όλες οι αποφάσεις, εκθέσεις και εισηγήσεις του Εθνικού Συμβουλίου Διαμεσολαβητών υποβάλλονται στον Υπουργό Εσωτερικών και κοινοποιούνται στο Συνήγορο του Πολίτη.
4. Το Συμβούλιο υποστηρίζεται διοικητικά από τη Διεύθυνση Οργάνωσης και Λειτουργίας Τοπικής Αυτοδιοίκησης του Υπουργείου Εσωτερικών.