1. Αν ο ΦΟΔΣΑ λειτουργεί με νομική μορφή συνδέσμου
Ο.Τ.Α., με απόφαση του διοικητικού συμβουλίου του οικείου ΦΟΔΣΑ, η οποία λαμβάνεται μέσα σε ένα μήνα από τη συγκρότησή του σε σώμα, συντάσσεται Οργανισμός Εσωτερικής Υπηρεσίας, στον οποίο προβλέπονται οι θέσεις του αναγκαίου προσωπικού κατά κατηγορίες, κλάδους, εκπαιδευτικές βαθμίδες και ειδικότητες, η διάρθρωση των υπηρεσιών, οι αρμοδιότητές τους, οι κλάδοι των οποίων οι υπάλληλοι κρίνονται για την κατάληψη θέσεων προϊσταμένων. Για την οργανωτική δομή των ΦΟΔΣΑ με τη μορφή συνδέσμου Ο.Τ.Α. εφαρμόζεται η παράγραφος 5 του άρθρου 247 του Κώδικα Δήμων και Κοινοτήτων (ν. 3463/2006) και το άρθρο 10 του Κώδικα Κατάστασης Δημοτικών και Κοινοτικών Υπαλλήλων (ν. 3584/2007, Α΄134).
2. Αν ο ΦΟΔΣΑ λειτουργεί με τη μορφή της Α.Ε., με απόφαση της Γενικής Συνέλευσης καταρτίζεται Κανονισμός Εργασίας, σύμφωνα με την παρ. 6 του άρθρου 2 του . 1876/1990 (Α΄ 27), το άρθρο 12 παράγραφοι 1, 2 και 4 του ν. 1767/1988 (Α΄ 63) και το ν.δ. 3789/1957 (Α΄ 21). Στην τελευταία περίπτωση, οι Κανονισμοί κυρώνονται από το Σώμα Επιθεώρησης Εργασίας (Σ.ΕΠ.Ε.), σύμφωνα με την παρ. 2 περίπτωση ια΄ του άρθρου 2 του ν. 3996/2011 (Α΄ 170).
