Η καταχώρηση των αποφάσεων και βουλευμάτων στο Ποινικό Μητρώο και η τήρησή του, τελούν υπό την εποπτεία του αρμόδιου Εισαγγελέα Πρωτοδικών. Ο Εισαγγελέας Πρωτοδικών Αθηνών έχει την ευθύνη εποπτείας και του Τμήματος Ποινικού Μητρώου και Απονομής Χάριτος της Κεντρικής Υπηρεσίας του Υπουργείου Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.