Οι οργανικές μονάδες της Αρχής Εξέτασης Προδικαστικών Προσφυγών (εφεξής Α.Ε.Π.Π.) ορίζονται ως ακολούθως:
1. Γραφείο Προέδρου
2. Γραμματεία Κλιμακίων
3. Νομική Υπηρεσία
4. Γενική Διεύθυνση Επιστημονικής και Διοικητικής Υποστήριξης (εφεξής Γ.Δ.Ε.Δ.Υ.)