1. Στο Τελωνείο υπαγωγής κατατίθεται η διασάφηση θέσης σε ελεύθερη κυκλοφορία με το καθεστώς ειδικού προορισμού, κατάλληλα συμπληρωμένη για το εν λόγω καθεστώς. Το Τελωνείο υπαγωγής εξετάζει και επιτρέπει ή μη την υπαγωγή των συγκεκριμένων κάθε φορά εμπορευμάτων, που αναφέρονται στη διασάφηση, στο καθεστώς ειδικού προορισμού.
2. Το Τελωνείο ελέγχου επιτηρεί τη διαδικασία και διαπιστώνει εάν τελικά τα εμπορεύματα έλαβαν τον ειδικό προορισμό τους. Ο έλεγχος διενεργείται από συνεργείο υπαλλήλων που ορίζεται με απόφαση του Προϊσταμένου του Τελωνείου Ελέγχου. Το Τελωνείο Ελέγχου διενεργεί, κατά την κρίση του, εκ των υστέρων ελέγχους, είτε φυσικούς είτε λογιστικούς, για τη διαπίστωση της ορθής εφαρμογής των διατάξεων που διέπουν το καθεστώς.
3. Τα εμπορεύματα που έχουν υπαχθεί στο καθεστώς του ειδικού προορισμού υπόκεινται σε τελωνειακή επιτήρηση μέχρις ότου λάβουν τον προδιαγραφέντα ειδικό προορισμό. Η τελωνειακή επιτήρηση λήγει με την εκκαθάριση του καθεστώτος ή με την καταβολή των αναλογουσών δασμολογικών επιβαρύνσεων, εφόσον τα εμπορεύματα έχουν χρησιμοποιηθεί για σκοπούς άλλους από τους προβλεπόμενους για την απαλλαγή από δασμό ή επιβολή μειωμένου δασμολογικού συντελεστή.
Όταν τα εμπορεύματα είναι κατάλληλα για επαναλαμβανόμενη χρήση και οι τελωνειακές αρχές το θεωρούν σκόπιμο για την αποφυγή της κατάχρησης, η τελωνειακή επιτήρηση συνεχίζεται για περίοδο που δεν υπερβαίνει τα δύο έτη μετά την ημερομηνία της πρώτης χρησιμοποίησής τους για τους σκοπούς για τους οποίους προβλέπεται η απαλλαγή από δασμούς ή η επιβολή μειωμένου δασμολογικού συντελεστή.
4. Τα τελωνεία ελέγχου και οι αρμόδιες για την έκδοση αδειών χρήσης του καθεστώτος ειδικού προορισμού Τελωνειακές Αρχές συνδράμουν τις κατά τόπο αρμόδιες Τελωνειακές ελεγκτικές αρχές θέτοντας στη διάθεσή τους, εφόσον ζητηθούν, τα στοιχεία των ελέγχων που έχουν ήδη πραγματοποιήσει.
5. Μετά το πέρας της πραγματοποίησης του ελέγχου θα συντάσσεται έκθεση ελέγχου με τα αποτελέσματα αυτού και θα υπογράφεται από τους υπαλλήλους που διενήργησαν τον έλεγχο.
