Κατά την άσκηση του έργου τους οι ελεγκτές έχουν τα εξής καθήκοντα και περιορίζονται από τις εξής απαγορεύσεις:
α. ασκούν εποπτεία, μόνο μετά από υπηρεσιακή, έγγραφη ή προφορική, εντολή και ανάθεση διεξαγωγής ελέγχου,
β. ασκούν τα καθήκοντά τους, στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων τους, χωρίς να επηρεάζονται από τρίτους, και τηρούν τους κανόνες δεοντολογίας,
γ. προτείνουν την εξαίρεσή τους από τη συμμετοχή σε άσκηση εποπτείας οικονομικού φορέα, αν υπάρχουν γεγονότα που εγείρουν εύλογη αμφιβολία για την αμεροληψία τους λόγω της σχέσης τους με τον οικονομικό φορέα, ή άλλων περιστάσεων που μπορεί να οδηγήσουν σε σύγκρουση ιδιωτικού και δημοσίου συμφέροντος,
δ. σέβονται το έννομο συμφέρον και τη φήμη του οικονομικού φορέα και τηρούν εχεμύθεια για τα εμπιστευτικά στοιχεία που περιέρχονται σε γνώση τους κατά την άσκηση της εποπτείας, εκτός αν άλλως προβλέπεται ρητά,
ε. μεριμνούν για την ελάχιστη δυνατή παρεμπόδιση της οικονομικής δραστηριότητας, σε περιπτώσεις που ο κίνδυνος για την ασφάλεια, τη δημόσια υγεία και το περιβάλλον είναι μικρός,
στ. πληροφορούν τον εποπτευόμενο οικονομικό φορέα για τα δικαιώματά του σχετικά με τη διαδικασία εποπτείας και τις έννομες συνέπειες των πράξεων ή παραλείψεών του σε σχέση με τη διαδικασία,
ζ. διεξάγουν τον έλεγχο με βάση το φύλλο ελέγχου, όπου αυτό απαιτείται, και να καταγράφουν τα αποτελέσματα του ελέγχου τηρώντας σχετικές διατάξεις και οδηγίες,
η. παρέχουν στον οικονομικό φορέα ή στους υπαλλήλους του κατευθυντήριες οδηγίες για την απαιτούμενη συμμόρφωση,
θ. έχουν την αποκλειστική ευθύνη του ελέγχου και της καταγραφής των αποτελεσμάτων του, το περιεχόμενο των εγγράφων που συντάσσουν, και την ορθότητα των αποδεικτικών στοιχείων, και γνωστοποιούν τα αποτελέσματα του ελέγχου στην αρμόδια εποπτεύουσα αρχή. Η εποπτεύουσα αρχή μεριμνά για την κοινοποίηση των αποτελεσμάτων του ελέγχου και κάθε σχετικής απόφασης στον οικονομικό φορέα ή το νόμιμο εκπρόσωπό του, εντός της εκάστοτε προβλεπόμενης νόμιμης προθεσμίας.
ι. τηρούν την αρχή της αναλογικότητας στις κυρώσεις και τα μέτρα που επιβάλλουν, λαμβάνοντας υπόψη τα στοιχεία του ελέγχου, και τα στοιχεία που τηρεί και υποβάλει ο οικονομικός φορέας,
ια. συντάσσουν έκθεση ελέγχου ή αναφοράς.
