Οι Ιατρικοί Σύλλογοι μπορούν να έχουν εσωτερικό κανονισμό, στον οποίο ρυθμίζονται οι λεπτομέρειες της διεξαγωγής των εργασιών της Γενικής Συνέλευσης και του Διοικητικού Συμβουλίου, ο αριθμός και οι θέσεις του απαιτούμενου προσωπικού και κάθε άλλο θέμα σχετικό με την καλή λειτουργία του Συλλόγου. Ο κανονισμός αυτός καταρτίζεται από το Διοικητικό Συμβούλιο και εγκρίνεται από τη Γενική Συνέλευση του Ιατρικού Συλλόγου και, εν συνεχεία, από το Διοικητικό Συμβούλιο του Π.Ι.Σ.