Αρμόδια εποπτεύουσα αρχή υπεύθυνη για την προστασία των δεδομένων προσωπικού χαρακτήρα η οποία διενεργεί ανεξάρτητο έλεγχο αυτού του είδους των δεδομένων που έχουν καταχωρισθεί στο Τελωνειακό Σύστημα Πληροφοριών είναι η Αρχή Προστασίας Δεδομένων Προσωπικού Χαρακτήρα του ν. 2472/1997.