Το καθεστώς του ειδικού προορισμού εκκαθαρίζεται όταν τα εμπορεύματα που έχουν υπαχθεί στο καθεστώς ή τα μεταποιημένα προϊόντα υπάγονται σε επόμενο τελωνειακό καθεστώς, έχουν χρησιμοποιηθεί για τους σκοπούς που προβλέπονται για την απαλλαγή από δασμούς ή για την επιβολή μειωμένου δασμολογικού συντελεστή, εξέρχονται από το τελωνειακό έδαφος της Ένωσης, καταστρέφονται χωρίς να αφήσουν κατάλοιπα ή εγκαταλείπονται υπέρ του Δημοσίου.